Existen diferentes teorías con respecto a los orígenes del delfín de río boliviano. Algunos autores suponen que la formación de esta especie pudo haber ocurrido a finales del Plioceno y a principios del Pleistoceno, cuando todo el territorio beniano era un gran lago que por movimientos de las capas tectónicas del escudo brasilero quedó completamente aislado al formarse una serie de cachuelas y rápidos en el río Madera entre las actuales comunidades de Guayaramerin y Porto Velho.
